境内からは、神橋の向こう側（右手）に見える少しお屋根がこんもりした御殿です。なおこの御殿は、「身曾岐祓」の御祈祷をお受けいただく以外には、一般には中に立ち入ることができない特別な場所です。
この禊殿は、上流に清冽な水音をかなでる滝が、下流には能舞台前の神池があり、その中流の池に社殿が浮かぶ構成となっています。これは神代に伊邪那岐命が黄泉の國から戻り自らを禊祓すべく川辺に立ち「上つ瀬は瀬速し、下つ瀬は瀬弱し」とおっしゃって、中つ瀬に降り立ち、そこで初めてみそぎをされて、次々と尊い神々を生み成されたという神話に基づきます。
この物語りをそのままに、神々の佇まいとして具現化・象徴化したのがこの禊殿です。
